Non venne messo in condizione di salutare per l’ultima volta i propri figli, morti in una cisterna nel giugno 2006 e ritrovati 20 mesi dopo. Partecipò ai loro funerali, il 9 aprile 2008, dopo essere stato in carcere e ai domiciliari con l’accusa di averli sequestrati e poi uccisi. Dopo essere stato scagionato, e a più di otto anni da quella tragedia, Filippo Pappalardi, padre dei fratellini di Gravina Ciccio e Tore, sarà risarcito con circa 65mila euro.
La seconda sezione penale della Corte d’Appello ha infatti riconosciuto all’uomo un’indennità pari a circa 20.500 euro per la “privazione della libertà personale” (235 euro per 75 giorni in carcere e 117 euro per 25 giorni agli arresti domiciliari), oltre a 45mila euro complessivi per i “gravissimi danni morali” dovuti “al clamore mediatico della vicenda”, per i danni “personali per non aver potuto vedere almeno per un’ultima volta i corpi dei propri figli”, per i danni sul piano della salute, “avendo sofferto di depressione”, ed economici, “essendo stato sospeso dal posto di lavoro”.
L’uomo fu arrestato il 27 novembre 2007 per i reati di sequestro di persona, omicidio volontario e occultamento di cadavere. E’ rimasto in carcere fino all’11 marzo 2008 quando, dopo il ritrovamento dei figli, il gip gli concesse i domiciliari derubricando le accuse in abbandono di minore seguito da morte.
E’ libero dal 4 aprile 2008, dopo che le autopsie sui corpi dei due bambini rivelarono che la morte fu conseguenza di una caduta accidentale. Anche la Corte di Cassazione, nel giugno successivo, annullò l’arresto di Pappalardi per mancanza di gravi indizi di colpevolezza. Dopo alcuni mesi, tramite l’avvocato Angela Aliani, l’uomo ha chiesto un risarcimento da 516mila euro per ingiusta detenzione a cui, nell’udienza del 10 giugno, l’avvocatura dello Stato si è opposta ritenendo che al momento dell’arresto la Procura avesse fondati sospetti per ritenere Pappalardi responsabile della morte dei due bambini.